工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人 犯罪团伙时 不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工 藤新一变回 了小孩 ！ 新一找 到了经常帮助他的阿笠 博士，博士为 他度身打造不少间谍武器。为了防止 犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他 们，希望能得到 解药。一日，新一 的女 友毛利 兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新 一情急之下编造 了自己 名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家 。 小兰的父亲毛利小五郎是一名私家 侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查 黑夜人 的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他 们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
